Bundeswehr
Die Jahre 1955–1957 waren eine Art Übergangsphase für den Fliegerhorst Fürstenfeldbruck, in der das amerikanische Militär Fursty an die bundesdeutsche Luftwaffe übergab. In dieser Zeit verblieben amerikanische Berater zur Ausbildung des deutschen Luftwaffenpersonals auf dem Fliegerhorst. Nach dem NATO-Beitritt der Bundesrepublik Deutschland (1955) begann bereits im Januar 1956 die Ausbildung der deutschen Flugschüler und der Aufbau der „Flugzeugführerschule B“. Im September 1956 graduierten dann die ersten deutschen Jet-Piloten. Am 1. November 1957 wurde der Fliegerhorst von der bundesdeutschen Luftwaffe übernommen und offiziell am 14. Dezember 1957 übergeben.
Bedingt durch die steigende Zahl der deutschen Luftwaffenangehörigen, wurden bereits im Juni 1958 die Offiziersvereinigung und im August 1958 die Unteroffiziersvereinigung gegründet. Im Jahr 1960 verabschiedeten sich dann die letzten amerikanischen Soldaten vom Fliegerhorst Fürstenfeldbruck. Mittlerweile war die „Flugzeugführerschule B“ zu einer wichtigen Ausbildungsstätte geworden und auch das Kommando der Schulen hatte seit dem Jahr 1956 eine zentrale Rolle in der bundesrepublikanischen Luftwaffe. 1960 begann auf dem Fliegerhorst auch die deutsche militärische Ausbildungshilfe für andere Streitkräfte, wie beispielsweise später für die nigerianische oder äthiopische Luftwaffe.
Im Jahr 1961 bestand der Fliegerhorst aus 19 selbständigen Dienststellen:
- das Kommando der Schulen (seit 1956)
- die Luftwaffenausbildungsbrigaden 1 bis 4 (seit 1961)
- die Flugzeugführerschule „B“ (seit 1956)
- das Flugmedizinische Institut der Luftwaffe
- das Offiziersanwärter-Bataillon der Luftwaffe
- die 1. Luftrettungs- und Verbindungsstaffel (seit 1959)
- die Schwere Luftwaffenpionierkompanie Süd (seit 1959)
- die Flugsicherungsbereichszentrale 1
- die 1. Flugsicherungskompanie
- die 1. Luftwaffensanitätsausbildungskompanie
- die Geophysikalische Lehrgruppe (seit 1961)
- die Standortkommandantur (seit 1956)
- die Standortverwaltung (seit 1955)
- das Kreiswehrersatzamt
- die katholische und evangelische Militärseelsorge
1962 wurde das Ehrenmal der Luftwaffe, das an alle, in den Weltkriegen getöteten Flieger erinnern soll, fertiggestellt und im Mai 1966 an die Luftwaffe übergeben.
Im Oktober 1963 verlegte man das Kommando der 1. Luftwaffendivision von München nach Fürstenfeldbruck. Ein entscheidender Einschnitt in der Geschichte des Fliegerhorstes Fürstenfeldbruck war das Jahr 1964, in dem die Waffenschule der Luftwaffe 50 von Erding nach Fürstenfeldbruck umzog und mit der Flugzeugführerschule „B“ zur neuen Waffenschule 50 zusammengelegt wurde. So vereidigte man im November 1965 erstmals 150 Rekruten des Offiziersanwärter-Bataillons der Luftwaffe in einem militärischen Zeremoniell öffentlich auf dem Platz vor der Klosterkirche Fürstenfeld. Im April 1968 kam es dann zu einer Umgliederung der Waffenschule 50: Die erste Staffel wurde zur Lehr- und Versuchsstaffel und die zweite Staffel führte zum einen die Waffenausbildung G‑91 und zum anderen die Europäisierung der, in den USA ausgebildeten Flugzeugführer durch, denn seit dem Jahr 1966 wurden alle Strahlflugzeugführer der Luftwaffe in Texas ausgebildet. Im gleichen Jahr tagten die Inspekteure der Luftwaffe der NATO-Staaten Großbritannien, Belgien, den Niederlanden, Italien, Kanada und der Bundesrepublik Deutschland auf dem Fliegerhorst Fürstenfeldbruck. 1970 begann die Ausbildung von Kampfbeobachtern für das Waffensystem RF- 4E Phantom.
Im April 1973 wurde die Fluglehrgruppe der Fachhochschule Neubiberg als dritte Fliegende Staffel in die Ausbildungsgruppe der Waffenschule der Luftwaffe eingegliedert. 1975 verlegte man dann auch die Offiziersschule der Luftwaffe von Neubiberg nach Fürstenfeldbruck. In diesem Zuge wurde eine neue moderne Offiziersschule, das sogenannte „Blaue Palais“, gebaut und 1977 fertiggestellt. Das Lehrpersonal bestand aus über 250 Soldaten und Zivilisten, die jährlich ungefähr 1900 Lehrgangsteilnehmer unterrichteten. Die Waffenschule der Luftwaffe 50 wurde 1978 in Jagdbombergeschwader 49 umbenannt und bereits zwei Jahre später starteten die ersten Alpha-Jets vom Fliegerhorst Fürstenfeldbruck. Ab 1990 fanden auch Einweisungslehrgänge von Angehörigen der Nationalen Volksarmee (NVA), der sich auflösenden DDR, in Fürstenfeldbruck statt. Insgesamt war zwischen 1957 und der welthistorischen Wende der Jahre 1989/1990 der Fliegerhorst Fürstenfeldbruck ein wichtiges Ausbildungszentrum der bundesdeutschen Luftwaffe und direkt oder indirekt in alle Abschreckungs- und Verteidigungskonzepte der NATO eingebunden.
Im Juni 1991 traf das Bundesverteidigungsministerium die folgeschwere Entscheidung für den Fliegerhorst Fürstenfeldbruck das Jagdbombergeschwader 49 aufzulösen. 1994 war es soweit und mit der Außer-Dienst-Stellung der Fluglehrgruppe im Jahr 1997 startete auch der letzte Alpha Jet. 2003 erfolgte die Einstellung des militärischen Flugbetriebs und nur ein Jahr später beschloss das Bundesverteidigungsministerium, den Flugplatz Fürstenfeldbruck ganz aufzugeben, was 2011 in dem Beschluss gipfelte den gesamten Standort einschließlich der Offiziersschule aufzulösen.
Nach derzeitigem Stand ist davon auszugehen, dass sich der komplette Abzug der Bundeswehr bis zum Jahr 2026 hinziehen wird.
1972 erlangte der Fliegerhorst Fürstenfeldbruck traurige Bekanntheit, als während der Olympischen Spiele von München, Terroristen der Organisation „Schwarzer September“ Angehörige der israelischen Olympiamannschaft als Geisel nahmen und vom Fliegerhorst Fürstenfeldbruck ausfliegen wollten. Hierbei kam es zu einem Feuergefecht zwischen Terroristen und Polizeikräften, wobei die neun israelischen Geiseln, ein Polizeibeamter und fünf Terroristen getötet wurden. 1999 wurde ein Mahnmal zum Gedenken an die israelischen Opfer des Olympia-Attentats vor dem Fliegerhorst eingeweiht.
Bis in die 90er Jahre war der Fliegerhorst der größte Arbeitgeber im Landkreis Fürstenfeldbruck, so umfasste das Personal im Jahr 1991 neben 2800 Soldaten auch 1800 Zivilbeschäftigte, die mit ihren Familien in Fürstenfeldbruck lebten. Die Angehörigen des Fliegerhorstes waren zudem für die Geschäfte der Stadt ein wichtiges, kaufkräftiges Klientel. Gewerbetreibende, vor allem Handwerksbetriebe, aus der Stadt und dem Landkreis erhielten vielfach Aufträge für umfangreiche Baumaßnahmen auf dem Fliegerhorst. Die Vertreter der Stadt und die Verantwortlichen des Fliegerhorstes waren in der gesamten Zeit der Existenz des Fliegerhorstes um ein gegenseitiges gutes Verhältnis zueinander bemüht. Beispiele des guten Miteinanders waren die Stadtbälle, die häufig auf dem Fliegerhorst stattfanden, oder auch die „Tage der offenen Tür“. So besuchten Im Juli 1960 über 200 000 Menschen den Fliegerhorst und ein Jahr später strömten ungefähr 500 000 Besucher zur NATO-Flugschau.
Dagegen äußerten sich Teile der Bevölkerung kritisch zum Lärm des Flugverkehrs.